Tokat Bilim ve Sanat Merkezi, Millî Eğitim Bakanlığı Özel Eğitim Rehberlik ve Danışma Hizmetleri Genel Müdürlüğü'nün 14.04.2003 tarih ve 420/1357 sayılı izni ile eğitim ve öğretime başlamıştır. Resmi açılışı 13.01.2004 tarihinde Tokat Valisi Sayın Ayhan NASUHBEYOĞLU'NUN destek ve katılımıyla gerçekleştirilmiştir.  Bir süre Tokat Rehberlik ve Araştırma Merkezi'nde çalışmalarını sürdüren Tokat Bilim ve Sanat Merkezi 01.09.2003 tarihinde 26 Haziran Atatürk Kültür Sarayı'nın 3. katında çalışmalarına başlamıştır. Kurumumuz 2013-2014 eğitim öğretim yılının ikinci dönemi ortasında Tokat Milli Piyango İhya Balak Fen Lisesinin binasının en üst katına taşınmıştır. 08 Haziran 2018 Haziran Tarihi itibariyle kendi binasına taşınmıştır.

2020-2021 Eğitim öğretim yılında, Tokat Bilim ve Sanat Merkezi'nde 1 eğitim yöneticisi, 1 eğitim yönetici yardımcısı, (20 kadrolu ve 5 görevlendirme) toplam 25 öğretmen, 1 memur ve 1 yardımcı personel kadrosu mevcuttur.  Kurum şu an kendi binasında   eğitim-öğretim faaliyetlerine 160 erkek, 172 kız olmak üzere 332 öğrenci ile devam etmektedir.